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当然有区别。
公司法规定：注册资本是全体股东（发起人）认缴的出资额（实行实缴注册资本的除外）；股东以认缴的出资额对公司负责任。
所以，注册资本大了，股东需要承担的责任也就大了。
办理公司的目的是以有限的责任规避市场风险。
但是，如果注册资本过大，其股东所需承担的责任也就越大，当这种责任变得超过了股东的承受能力的时候，这种有限责任就转变成了一种无限责任，那么办理有限公司的意义也就不存在了。
例如，我可以办理一个注册资本为1000亿的有限公司，但很显然，1000亿的责任我是无法承担的，这时候办理的有限公司就没什么意义了。不如办理一个个人独资企业或者合伙企业了，上述二者的投资人或合伙人需要对企业负无限责任。无限责任比有限责任要大很多的。而且个人独资企业、合伙企业不缴纳企业所得税。-南京注册公司